Khuất Việt Hùng sinh ra và lớn lên ở huyện Thạch Thất, thành phố Hà Nội. Ông là con trai út của Trung tướng Khuất Duy Tiến, nguyên Tư lệnh Quân đoàn 3, Quân đội nhân dân Việt Nam.

Giai đoạn 1992 - 1996, ông bắt đầu theo học đại học tại trường Đại học Giao thông Vận tải. Năm 1996, ông tốt nghiệp Kỹ sư Kinh tế Vận tải, Khoa Vận tải Kinh tế - Trường Đại học Giao thông Vận tải Hà Nội. Sau khi tốt nghiệp, ông tiếp tục theo học ngành Thạc sĩ, tốt nghiệp Thạc sỹ Kỹ thuật tại Viện Công nghệ Châu Á (AIT) tại Thái Lan.

Ông theo học bậc Tiến sĩ tại Đức, lấy bằng Tiến sỹ Kỹ thuật vào năm 2006 tại khoa Quy hoạch và Kỹ thuật giao thông, trường Đại học Kỹ thuật Darmstadt (Cộng hòa liên bang Đức).[2]